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广州中华民国军政府初期﹐即1917年9月10日至1918年5月20日﹐根据孙中山在广州召开国会非常会议通过的《军政府组织大纲》﹐采大元帅独任制。设大元帅一人﹐元帅二人﹐均由国会非常会议选举﹐以得票过投票数的半数当选。
大元帅为国家元首和行政首长。元帅协助大元帅筹商政务。其行政各部有外交﹑内务﹑财政﹑陆军﹑海军﹑交通六部﹐各部设总长一人﹐由国会非常会议选出后咨请大元帅特任﹐辅助大元帅执行政务。大元帅府设参谋﹑秘书﹑参军三处﹐卫戍总司令﹑顾问和参议若干人。国会非常会议为最高立法机关﹐由南下广州的现任国会议员组成﹐1917年8月15日开始集会。设正副议长各一人﹐由现任国会两院正副议长内推定。
1918年5月﹐在桂系军阀操纵下﹐非常国会通过改组政府案﹐依《修正军政府组织大纲》﹐改大元帅独任制为总裁合议制。设总裁会议﹐由总裁组成。总裁由国会两院联合会选举﹐以得票过出席议员数的半数当选﹐人数无定。总裁下设内阁式的政务院和军事委员会及参谋部。政务院由政务员组成﹐政务院院长和各部总长均为政务员。政务院院长由国会两院联合会选举﹐以得票过出席议员数的半数当选﹐经总裁会议任命。政务员辅助总裁﹐对国会非常会议负责。政务院分置行政各部和代表地方“民意”的参事会。各部设总长一人。参事会由各省议会选出二人经总裁会议任命组成。军事委员会由各省军事长官所派军事代表一人和军政府任命军事委员若干人组成﹐以建设及备咨询军事计画为职责。参谋部仍照北洋政府官制组织。最高立法机关初仍称国会非常会议﹐1918年9月宣告成立“正式国会”。
中华民国政府1921年5月5日﹐依《中华民国政府组织大纲》﹐取消军政府﹐成立正式政府﹐并改采总统制。设非常大总统一人﹐由国会非常会议选举﹐有总揽政务﹑发布命令﹑统率海陆军﹑任免文武官员﹑对外代表中华民国等权力。设外交﹑内务﹑财政﹑司法﹑陆军﹑海军六部﹐另设总统府秘书长。最高立法机关仍称国会非常会议。大元帅大本营1923年3月2日﹐大元帅大本营成立。由大元帅总揽军政大权﹐任免文武官员﹐决定政府机关的设置或裁并等。下设内政﹑外交﹑财政﹑建设四部﹔法制﹑审计二局﹔参谋﹑秘书二处﹔金库一所﹔并置大理院(最高审判机关)与总检察厅。国民政府1925年7月1日﹐按中国国民党中央执行委员会通过的《国民政府组织法》在广州成立国民政府。
国民政府受中国国民党的指导及监督﹐掌理全国政务。其政制采合议制﹐由国民党中央执行委员会推选委员若干人组成﹐并于委员中推定一人为主席﹐五人为常务委员﹐处理日常政务﹐但重要国务须由委员会议执行。下设军事﹑外交﹑财政三部﹐各部设部长一人﹐以委员兼任﹔并设秘书处﹐受常务委员指挥。北伐时期﹐广州国民政府迁往武汉﹐官制与广州国民政府基本相同。
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